小麥全外顯子捕獲測序
外顯子組測序(Exome Sequencing)是指利用靶向捕獲技術將全基因組外顯子區域捕獲并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。
通過高通量測序技術進行外顯子組測序,能夠直接發現與蛋白功能變異相關的遺傳突變和直接對基因功能相關的編碼序列進行研究,大大減少了測序費用。
相比于全基因組重測序,外顯子組測序更加經濟、高效、深入。
簡化外顯子組測序(cSNP-Sequencing)相對于基因芯片,能夠提供更為完整的變異信息以及變異位點附近的序列信息,超高密度的標記數置,11萬High Confidence基因覆蓋,大于600K cSNP、InDel、CNV等變異檢測。
小麥全外顯子測序,全新260M/300M目標捕獲區間設計,覆蓋超過15萬/16萬個基因。
產品設計:
1、 基于IWGSC參考基因組及基因注釋設計;基于AKS8基因組及注釋設計。
2、 增加3000+份小麥轉錄組數據注釋,包含所有組織及發育時期。
3、 增加20+份Pacbio三代全長轉錄本測序數據進行基因組注釋。
4、 增加100+份LncRNA深度測序數據進行長鏈非編碼基因注釋。
捕獲:
目標區域> 260M/300M 捕獲基因數> 15萬/16萬
優化
1、深度基因區域覆蓋,確保突變位點的真實性;
2、超冗余探針設計,保證目標區域有效捕獲;
3、多重探針密度校正,保證捕獲的均一性;
4、多重捕獲技術,保證捕獲樣品的隨機性。
樣品準備
突變體群體、自然群體、組圖群體材料
| 樣品類型 | 數量要求 | 存放形式 |
樣品要求 | 組織樣品 | ≥2cm葉片 | 1.5mL 離心管 |
DNA樣品 | ≥2μg DNA | 0.2mL EP管 |
BSA基因定位材料
質量性狀群體,每個極端性狀混池≥25個極端個體材料 |
數量性狀群體,每個極端性狀混池≥35個極端個體材料 |
| 樣品類型 | 數量要求 | 存放形式 |
樣品要求 | 組織樣品 | ≥2cm葉片 | 1.5mL 離心管 |
DNA樣品 | ≥2μg DNA | 0.2mL EP管 |
RNA樣品 | ≥2μg 總RNA | 0.2mL EP管 |