轉錄組測序
1. 普通轉錄組測序
轉錄組是指某個物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA(Non-coding RNA)。目前研究較多的非編碼RNA又包括:circRNA,miRNAs,及lncRNAs等?;诟咄繙y序平臺的轉錄組測序技術能夠全面獲得物種特定組織或器官的轉錄本信息,從而進行基因表達水平研究、新轉錄本發現研究、轉錄本結構變異研究等。
北京嘉程生物科技有限公司的普通轉錄組測序主要針對mRNA和miRNAs。
2. 長鏈非編碼RNA測序
長鏈非編碼RNA測序(long non-coding RNA Sequencing,lncRNA Sequencing)。
長鏈非編碼RNA是一類長度大于200 nt且不編碼蛋白質的RNA(不含rRNA),廣泛存在于各種生物體內。lncRNA參與表觀遺傳、轉錄以及轉錄后等多水平的調控過程,在生命活動中具有重要作用。lncRNA測序,使用高通量測序技術結合先進的生物信息學分析,一次性獲得樣本中幾乎全部的lncRNA信息,為全面、深入地研究lncRNA的功能提供了全新的工具。
3. 三代全長轉錄組測序
三代全長轉錄組測序,即利用PacBio三代測序平臺對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優勢、結合多片段文庫篩選技術,實現了無需拼接的轉錄本分析,克服了傳統二代轉錄組Unigene拼接較短、轉錄本結構不完整的缺陷,也由于其可直接獲得單個RNA分子從5’端到3’端的高質量全部轉錄組信息。
目前基于PacBio的單分子實時測序技術,目前平均讀長已經達到10Kb以上,最長可達80Kb,轉錄組測序不再需要組裝,就可以直接得到全長轉錄本的信息。