簡化外顯子組測序：cSNP-Seq
基于大量重測序及全外顯子組重測序數據，從IWGSC注釋HC基因中選取包含變異信息最豐富的區域進行捕獲探針設計，確保每個HC基因至少有一個代表區段被覆蓋。包含11萬HC基因編碼區內的600K cSNP。
cSNP-Seq vs SNP芯片
| cSNP-Seq | 芯片 |
檢測方法 | 捕獲測序 | 芯片檢測 |
標記數量 | >600K | 50K、55K、660K |
標記類型 | SNP/InDel/CNV | SNP |
標記序列 | 可獲取 | 無法獲取 |
檢測新變異 | 是 | 否 |
樣品準備
突變體群體、自然群體、組圖群體材料
| 樣品類型 | 數量要求 | 存放形式 |
樣品要求 | 組織樣品 | ≥2cm葉片 | 1.5mL 離心管 |
DNA樣品 | ≥2μg DNA | 0.2mL EP管 |
BSA基因定位材料
質量性狀群體，每個極端性狀混池≥25個極端個體材料 |
數量性狀群體，每個極端性狀混池≥35個極端個體材料 |
| 樣品類型 | 數量要求 | 存放形式 |
樣品要求 | 組織樣品 | ≥2cm葉片 | 1.5mL 離心管 |
DNA樣品 | ≥2μg DNA | 0.2mL EP管 |
RNA樣品 | ≥2μg 總RNA | 0.2mL EP管 |